Organizace provede registraci do Stupně II na webovém portále www.csks.cz. Administrátor pak přihlášeného uživatele vyzve k vyplnění formuláře/informace o pracovníkovi, který bude v dané organizaci odpovědný za zavádění prvků ČSKS a který bude jmenován Trenérem  kvality. Tento pracovník musí absolvovat školení proTrenéry kvality II. stupně a následně začne v organizaci implementovat nástroje a požadavky nutné k získání Certifikátu kvality II. stupně ČSKS.

Organizace uzavře přihlášku s certifikačním místem a současně, až bude mít splněny veškeré požadavky, zašle certifikačnímu místu potřebnou dokumentaci k posouzení. Součástí dokumentace je formulář žádosti, vize a týmový závazek, doklad o splnění sektorových technických předpokladů (vztahují-li se na organizaci), formulář procesů a formulář vyhodnoceného plánu opatření stanoveného v I. stupni. Certifikační místo prostřednictvím nezávislého hodnotitelského centra dokumentaci posoudí a zašle organizaci formuláře na realizaci dotazníkového šetření pro pracovníky a zákazníky. Organizace provede dotazníkové šetření mezi pracovníky a zákazníky a vyplněné dotazníky odešle zpět certifikačnímu místu.  To vypracuje zprávu z dotazníkového šetření a z provedeného mystery shoppingu, tzv. zprávu certifikačního místa, kterou zašle organizaci. Reakcí na zprávu certifikačního místa je zaslání nového Plánu opatření. Následuje posouzení stanoveného plánu opatření certifikačním místem a v případě kladného vyhodnocení obdrží organizace Certifikát kvality Stupně II.